Ключавое адрозненне паміж іерархічным секвенуваннем драбавікоў у цэлым геноме заключаецца ў тым, што пры іерархічным секвенировании стрэльбаў геном разбіваецца на больш буйныя фрагменты перад секвенированием, у той час як у секвенуванні драбавікоў цэлага геному ўвесь геном разбіваецца на невялікія фрагменты для секвенирования.
Секвеніраванне з'яўляецца важным метадам у малекулярных працэсах, асабліва ў дакладнай ідэнтыфікацыі відаў. Фактычна, гэта тэхніка ідэнтыфікацыі дакладнага парадку нуклеатыдаў у гене або геноме. Існуе мноства методык паслядоўнасці. Некаторыя з іх ўключаюць метад Максама Гілберта, метад Сэнгера і аўтаматызаваны метад Сэнгера.
ЗМЕСТ
1. Агляд і ключавая розніца
2. Што такое іерархічная паслядоўнасць стрэльбаў
3. Што такое секвенураванне стрэльбаў з цэлага геному
4. Падабенства паміж іерархічным і цэлым геномным драбавіком
5. Параўнанне побач - Іерархічная секвенцыя стрэльбаў з цэлага геному ў таблічнай форме
6. Рэзюмэ
Што такое іерархічная паслядоўнасць стрэльбаў?
Іерархічнае секвенирование драбавікоў - адзін з метадаў секвенирования. Яго таксама называюць "паслядоўнасць зверху ўніз". Далей, гэты метад складаецца з двух этапаў: першы крок - гэта ампліфікацыя геному, а другі - фрагментацыя геному. У гэтым метадзе спачатку геном рассякаюць на вялікія фрагменты. Затым варта кланаванне гэтых вялікіх фрагментаў у розных гаспадароў з дапамогай вектараў або штучных храмасом. Затым гэтыя рэкамбінантныя вектары размяшчаюцца ў бібліятэцы. Падчас секвенирования драбавікоў клоны рэкамбінантных вектараў праходзяць секвенирование паасобку. Фрагменты ў клонах падвяргаюцца рэстрыкцыйнаму пераварванню, каб яшчэ больш паменшыць памер геному, тым самым праходзіць секвенирование.
Малюнак 01: Іерархічная паслядоўнасць стрэльбаў
Падчас іерархічнай паслядоўнасці драбавікоў вялікія кавалкі фрагментаў павінны быць размешчаны ў парадку да секвенування драбавікоў. Гэта адбываецца з дапамогай малекулярных маркераў, якія ўключаюцца ў працэсе кланавання .
Іерархічная паслядоўнасць драбавікоў стварае карту генаў з нізкім дазволам. Але ён стварае ўпарадкаваную карту паслядоўнасці. Такім чынам, гэта займае больш часу, чым прамое паслядоўнасць. Увесь працэс зацягваецца з -за стварэння рэкамбінантнай вектарнай бібліятэкі. Гэта таксама працаёмкая тэхніка. Аднак у цяперашні час тэхніка аўтаматызавана, каб палегчыць працу.
Што такое паслядоўнасць стрэльбаў з цэлага геному?
Секвеніраванне драбавікоў цэлага геному - гэта аднаэтапны працэс паслядоўнасці. У гэтым працэсе спачатку адбываецца зрэз усяго геному. Пасля гэтага кожны з гэтых невялікіх фрагментаў адбываецца выпадковае секвенирование. Пасля завяршэння паслядоўнасці адбываецца аналіз паслядоўнасцей. Падчас аналізу паслядоўнасці перакрываюцца паслядоўнасці выдаляюцца, і аналіз не з'яўляецца ўпарадкаваным працэсам. Такім чынам, зборка паслядоўнасцяў з'яўляецца менш эфектыўным працэсам у параўнанні з іерархічнай паслядоўнасцю драбавікоў. Аднак працэс секвенирования драбавікоў цэлага геному адбываецца больш хутка, і аналіз усяго геному можа адбывацца ў адным асобніку.
У чым падабенства паміж іерархічным і цэлым геномным драбавіком?
- Іерархічная і геномная драбавік - гэта два падыходы паслядоўнасці.
- Абодва праходзяць паслядоўнасць Sanger або аўтаматычныя метады паслядоўнасці Sanger.
- Яны ўдзельнічаюць у секвенировании фрагментаў ДНК і РНК.
- Больш за тое, абодва метаду важныя ў малекулярнай дыягностыцы і ў мэтах даследавання.
- У цяперашні час абодва метады з'яўляюцца аўтаматызаванымі або камп'ютэрнымі.
- Абедзве методыкі абапіраюцца на фрагментацыю геному.
У чым розніца паміж іерархічным і цэлым геномным драбавіком?
Іерархічная секвеніроўка драбавікоў стварае больш буйныя фрагменты ў параўнанні з секвенуваннем драбавікоў з цэлага геному, якая працуе з невялікімі фрагментамі паслядоўнасцей. Такім чынам, гэта ключавое адрозненне паміж іерархічнай паслядоўнасцю і цэлым геному. Акрамя таго, іерархічная паслядоўнасць драбавікоў складаецца з двух асноўных крокаў, у той час як паслядоўнасць драбавікоў з цэлага геному абапіраецца на адзін важны крок.
Акрамя таго, яшчэ адно адрозненне паміж іерархічнай паслядоўнасцю і геномным драбавіком палягае ў тым, што дазвол больш высокі ў паслядоўнасці драбавікоў з цэлага геному ў параўнанні з іерархічным секвенуваннем драбавікоў.
Прыведзеная ніжэй інфаграфіка абагульняе розніцу паміж іерархічнай паслядоўнасцю і цэлым геному.
Рэзюмэ - Іерархічная секвенцыя стрэльбаў з цэлага геному
Іерархічнае і цэлагеномнае секвенирование драбавікоў-гэта дзве методыкі секвенирования вялікіх геномаў. Іерархічная паслядоўнасць драбавікоў-гэта двухэтапны працэс паслядоўнасці, дзе геном разбіваецца на больш буйныя фрагменты. Наадварот, секвенуванне драбавікоў з цэлага геному ўяўляе сабой аднаэтапнае паслядоўнасць, дзе геном разбіваецца на невялікія фрагменты і непасрэдна секвенуецца. Такім чынам, гэта ключавое адрозненне паміж іерархічнай паслядоўнасцю і цэлым геному. Больш за тое, тэхнічныя аспекты могуць адрознівацца ў двух метадаў.
Спасылка:
1. Уотэрстан, Роберт Н і інш. "Аб паслядоўнасці геному чалавека". Матэрыялы Нацыянальнай акадэміі навук Злучаных Штатаў Амерыкі, Нацыянальная акадэмія навук, 19 сакавіка 2002 г., даступна тут .
2. Пал, Шыталь. "Паслядоўнасць геномаў". LinkedIn SlideShare, 4 лістапада 2014 г., даступна тут .
Малюнак прадастаўлена:
1. "Секвеніраванне драбавікоў цэлага геному ў параўнанні з іерархічным секвенсаваннем драбавікоў" Аўтар Commins, J., Toft, C., Fares, MA - "Метады вылічальнай біялогіі і іх прымяненне да параўнальнай геномікі эндаклеткавых сімбіётычных бактэрый насякомых". Біял. Працэдуры ў Інтэрнэце (2009). Доступ праз SpringerImages (CC BY-SA 2.5) праз Commons Wikimedia
